卫福部去年提出主治医师加班费免税措施，因迟未实施而遭立委质疑，卫福部医事司说明，已完成草案规画，公、私立医院医师加班费免税最快明年5月上路。台大医院院长余忠仁指出，诊所医师薪资计入成本，约8成薪资免除税赋，同为提供医疗照护的医院受聘医师却无相应制度，有公平性疑虑，预期加班费免税实施后，有助强化医院医师留任，不过对延揽新人仍帮助有限。

余忠仁指出，医院医师为受聘雇领取薪资，不像诊所医师可将薪资列为营业成本获得免税，为此，各界提出以加班费免税作为解方，不过，主治医师不受「劳基法」规范，在法规上无工时限制，却经常需在深夜赶回医院处理病人，在无法订出工时情况下，医界讨论出可用「延长工时」取代「加班」定义，将上午8时至下午5时作为正常工时，额外部分则列为延长工时。

近期多家公立医院开始要求主治医师打卡，以便计算延长工时时数。余忠仁指出，台大医院原先就有打卡机制，但主治医师过去为责任制，不在要求打卡职类之中，将于近期跟进要求主治医师打卡。他强调，医院医师与诊所医师是「同一种人」，都在执行医疗业务，税赋不同有公平性疑虑，需设法解决避免相对剥夺感。

余忠仁透露，加班费免税推动过程相当辛苦，主因是公私立医院性质各自不同，公立医院又分属不同主管机关，如荣总体系属退辅会、部立医院体系属卫福部、台大医院等大学医院则归教育部，另还有军医院体系，大幅提升制度拟定时的复杂程度。

「医师不会因为加班费免税就选择在医院任职，但免税可帮助留下医院现有医师。」余忠仁表示，为解决医护人力议题，除借由免税制度留人，也建议政府借此机会检讨健保制度。

余忠仁指出，健保总额成长，但民众就医需求也在成长，平均每人每年就医次数，已从13次提升至16次，而医院每年因病人疾病就医次数增加，医疗相关支出「自然成长率」约4%，过去健保总额成长率约3%，医院入不敷出，直至近年总额成长率才提升至5%以上，让医院除可应付支出成长，也能将收益用于提升员工薪资及福利。